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1944
Subsídios para a História dos Capitães gerais e Governadores de Macau (1557-1770), Macau, Imprensa Nacional.
1942
Breve relação da Jornada que fez à Corte de Pekim o Sr. Manoel de Saldanha, embaixador extraordinário del Rey de Portugal ao Emperador da China e Tartaria (1667-1670), escrita pelo Padre Francisco Pimentel, e documentos contemporâneos, Macau, Imprensa Nacional (Compilation and notes by C. R. Boxer and J. M. Braga).
Macau na Época da Restauração (Macau Three Hundred Years Ago), Macau, Imprensa Nacional.
1941
Edição de Azia Sinica e Japónica. Obra póstuma e inédita do Frade Arrábido, José de Jesus Maria, 2 vols: vol. I, Macau, Escola Tipográfica do Oratório de S. João Bosco (Salesianos), 1941; vol. II, Macau, Imprensa Nacional, 1950.
"Joseph Pinto Pereira, vedor da Fazenda Geral da Índia e conselheiro ultramarino del Rei D. João IV", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, XXXIX, 453 (Dezembro), Macau, pp. 348-375. Reimpresso em Anais da Academia Portuguesa de História, Lisboa, VII, 1942, pp. 41-118.
"The rise and fall of Nicholas Iquan (Cheng Chi-lung)", in T'ien Hsia Monthly, XI, 5 (April-May), Xangai, pp. 401-439.
"As viagens de Japão e os seus Capitães-mores, 1550-1640", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, Macau, vol. XXXIX, n.º 448 (Julho), pp. 85-98; n.º 449 (Agosto); n.º 450 (Setembro); n.º 451 (Outubro).
1940
"Admiral João Pereira Corte-Real and the construction of Portuguese East-Indiamen in the early seventeenth century", in The Mariner's Mirror, The International Journal of the Society for Nautical Research, XXVI, 4 (October), London, pp. 388-406. Portuguese translation by Aleixo da Costa, "O almirante João Pereira Corte Real e a construção da frota portuguesa das Índias Orientais nos princípios do século XVII", in Boletim do Instituto Português de Hong Kong, 49 (1941), Hong-Kong, pp. 1-21.
António Coelho Guerreiro e as Relações entre Macau e Timor no começo do século XVIII, Macau, Escola Tipográfica do Orfanato da Imaculada Conceição de Macau.
Breve relação da vida e feitos de Lopo e Inácio Sarmento de Carvalho, grandes capitães que no século XVII honraram Portugal no Oriente, Macau, Imprensa Nacional.
"The Chinese attack on Malacca in 1629, as described in contemporary Portuguese sources", Sep. de Malayan and Indonesian Studies, pp. 105-122.
"Francisco Vieira de Figueiredo e os portugueses em Macassar e Timor na época da Restauração, 1640-1668", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXVII, n.º 434 (Maio), Macau, pp. 727-741.
"João Pereira Corte-Real (1580-1642), Capitão-Mor das naus da Carreira da Índia and Almirante da Armada Real (A Biographical Sketch)", in Publicações do Congresso do Mundo Português, VI, 1, Lisboa, pp. 437-463.
"Novos subsídios históricos relativos a Timor", in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. XVI, n.º 184 (Outubro), Lisboa, pp. 32-38.
"Was Camoens ever in Macau?", in T'ien Hsia Monthly, X, 4 (April), Xangai, pp. 324-333.
1939
"Algumas notas sobre a bibliografia de Macau", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXVII, n.º 428 (Novembro), pp. 447-468 (em co-autoria com J.M. Braga).
"António de Albuquerque Coelho (1682-1745). Esboço biográfico", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXIV, n.º 418 (Janeiro), Macau, pp. 188-215.
"Isaac Titsingh's embassy to the court of Ch'ien Lung (1794-1795)", in T'ien Hsia Monthly, VIII, 1 (January), Xangai, pp. 9-33.
1938
"António Telles em Goa. (Appendice III)", in Boletim do Instituto Vasco da Gama, 37 (Março), Bastorá, Goa, pp. 37-56. Reimpresso em Ethnos, revista do Instituto Português de Arqueologia, História e Etnografia, Lisboa, II, 1942, pp. 33-96.
"Carta de José da Cunha d'Essa àcêrca do motim contra o Capitão Geral, Diogo de Pinho Teixeira em 1710 (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, XXXV, Macau, pp. 520-523.
"A cidade de Macau e a queda da dinastia Ming (1644-1652). Relações e documentos contemporâneos reproduzidos, anotados e comentados", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 410 (Maio), Macau, pp. 787-809.
"A derrota dos Holandeses em Macau no ano de 1622. Subsídios inéditos. Pontos controversos. Informações novas", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 413 (Agosto), Macau, pp. 86-122.
The embassy of Captain Gonçalo de Siqueira de Souza to Japan in 1644-1647, Macau, Tipografia Mercantil. Reprinted in Monumenta Nipponica, n.º II, Tokyo, 1939, pp. 40-74.
"Fresh light on the embassy of Captain Gonçalo de Siqueira de Souza to Japan in 1644-1647", in Translations and Proceedings of the Japan Society of London, XXXV, London, pp. 13-62.
"O General do mar, António Telles e o seu combate naval contra os Holandeses na barra de Goa, em 4 de Janeiro de 1638", in Boletim do Instituto Vasco da Gama, n.º 37 (Março), Bastorá, Goa, pp. 1-62.
"The Japanese Christians buried in the Jesuit College church of São Paulo at Macao", in Monumenta Nipponica, vol. I, Tokyo, pp. 256-269.
"Macao, Three hundred years ago. As described by Antonio Bocarro in 1635, and now translated with an introduction and notes", in T'ien Hsia Monthly, VI, 4 (April), Xangai, pp. 281-316.
"On a Portuguese carrack's bill of lading in 1625", in Biblos, n.º XIV, Coimbra, pp. 193-222. (Reprinted in Petris Nonius. Orgão do Grupo Português de História das Ciências, vol. II, n.º 3, Lisboa, 1939, pp. 176-200).
"Portuguese military expeditions in aid of the Mings against the Manchus, 1621-1647", T'ien Hsia Monthly, vol. VII, n.º 1 (August), Xangai, pp. 24-36. Portuguese translation "Expedições militares portuguêsas em auxílio dos Mings contra os Manchus, 1621-1647", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XL (Dezembro de 1942), Macau, pp. 559-570.
"Sisnando Dias Bayão, conquistador da "Mãe de Ouro", in 1.º Congresso da História da Expansão Portuguesa no Mundo, 4.ª secção, Lisboa, pp. 99-115.
1937
Bibliotheca Boxeriana : being a short title catalogue of the books and manuscrits in the library of the Captain C. R. Boxer (March 1937), Macau, Tipografia Mercantil. A significant section of this work was reprinted by Braga, J. M., "A Biblioteca do Capitão C. R. Boxer", Sep. do Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, 1938, pp. 3-14.
"Carta do Vice-Rey Vasco Fernandes Cesar de Menezes sobre as cousas de China e Macau, ano de 1715. (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 404 (Novembro), Macau, pp. 274-278.
"Carta inédita de Frei Jacinto de Deus para o príncipe regente de Portugal, D. Pedro. (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 402 (Setembro), Macau, p. 192.
"Carta inédita de Lourenço Mendes Cordeiro, vereador do senado de Macau para El Rei D. João IV, 1644 (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 402 (Setembro), Macau, p. 185.
"Cercos de Moçambique, defendidos por D. Estêvão de Ataíde, Capitão General, Governador daquela praça, escrito por António Durão", preface by Edgar Prestage, notes by C. R. Boxer, in Arquivo Histórico de Portugal, n.º III, Lisboa, pp. 19-72.
"O Coronel Pedro de Mello e a sublevação geral de Timor em 1729-1731", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 405 (Dezembro), Macau, pp. 248-377.
"Correspondência trocada em 1685-6 entre El Rei D. Pedro II e o Visorey do Estado da Índia, D. Francisco de Távora, sobre o padroado português na China. (Escavações históricas), in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 402 (Setembro), Macau, pp. 193-194.
"D. Francisco de Távora, 1.º conde de Alvor, Esboço biográfico (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 402 (Setembro), Macau, pp. 195-196.
"Dos defuntos seculares que estão encerrados nesta igreja. (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXIV, n.º 397 (Abril), Macau, pp. 760-840.
"Um Macaense ilustre, Frei Jacinto de Deus (1612-1681). (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 402 (Setembro), Macau, pp. 186-192.
"Um memorial da cidade de Macau há trezentos anos, 1631-1635. (Escavações históricias)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 400 (Julho), Macau, pp. 29-42.
"Memórias sobre a ermida da Penha de França. (Escavações históricas)", in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, n.º 398 (Maio), Macau, pp. 815-822.
"Some early Portuguese bills of lading, 1625-1708", in Annals of the Nagasaki Higher Commercial School (1937-1938), vol. 18, parte 1 (October), Nagasaki, pp. 24-34.
"Vasco Fernandes César de Menezes, Esboço biográfico. (Escavações históricas), in Boletim Eclesiástico da Diocese de Macau, vol. XXXV, n.º 404 (Novembro), Macau, pp. 278-280.
1936
Jan Compagnie in Japan, 1600-1817. An essay on the cultural, artistic and scientific influence exercised by the Hollanders in Japan from the seventeenth to nineteenth centuries, Haia, M. Nijhoff. Revised edition Jan Compagnie in Japan, 1600-1817, Tokyo/London, Oxford University Press, 1968.
"Nagasaki colour-prints, c. 1750-1850", in The Connoisseur, vol. XCVIII, n.º 424 (December), London, pp. 333-339.
"O plano da reconquista da Província do Norte elaborado pelo capitão Caetano de Sousa Pereira em 1745", in Boletim do Instituto Vasco da Gama, n.º 29 (Abril) Bastorá, Goa, pp. 1-12.
"Portuguese influence in Japanese screens from 1590 to 1614", in The Connoisseur, vol. XCVIII, n.º 420 (August), London, pp. 79-86.
"Some aspects of Portuguese influence in Japan, 1542-1640", Translations and Proceedings of the Japan Society of London, vol. XXXIII, London, pp. 13-64 (Portuguese translation in O Mundo Português, 4, 37, 1936, pp. 50-52).
1935
"Anglo-Portuguese rivalry in Persian Gulf, 1615-1635" in PRESTAGE, Edgar (ed.), Chapters in Anglo- Portuguese Relations, Watford, Voss and Michael, pp. 46-129.
Edition, introduction, notes and index for François Caron e Joost Schousten, A True Description of the Mighty Kingdoms of Japan and Sian, re-printed from the 1663 English edition, London, The Argonaut Press.
"The general of the galleons and the Anglo-Portuguese truce, celebrated at Goa in January, 1635", in Ethnos, revista do Instituto Português de Arqueologia, História e Etnografia, t.1, Lisboa, pp. 27-33.
"Hosokawa Tadaoki and the jesuits, 1587-1645", Sep. de The Transactions of the Japan Society of London, vol. 32, pp. 79-119.
1934
"Portuguese commercial voyages to Japan three hundred years ago (1630-1639)", in Transactions and Proceedings of the Japan Society of London, vol. XXXI, London, pp. 27-77.
"Portuguese roteiros, 1500-1700", in The Mariner's Mirror, The International Journal of the Society for Nautical Research, vol. XX, n.º 2 (April), London, pp. 171-186.
"Um roteirista desconhecido do século XVII. D. António de Ataíde, capitão-geral da Armada de Portugal", Arquivo Histórico da Marinha, I, 3, Lisboa, pp. 189-200.
1933
"Embaixada de Macau ao Japão em 1640", in Anais do Clube Militar Naval, LXII (Janeiro - Dezembro 1932), Lisboa, pp. 9-10.
"Notes on the Portuguese trade in Japan during the Kwanei period (1624-1643)", Shikagu organ of the Keio Historical Research Society, vol. 12, n.º 1 (May), Tokyo, pp. 1-31.
1932
A Aclamação del Rei D. João IV em Goa e em Macau. Relações contemporâneas reeditadas e anotadas por C. R. Boxer, Lisboa, s.n.
"Rin Shihei and his Picture of a Dutch East-India ship, 1782", in Transactions of the Asiatic Society of Japan, second series, t. IX, Tokyo, pp. 45-66.
1931
"European influence on Japanese sword-fittings, 1543-1853", in Transactions and Proceedings of the Japan Society of London, vol. XXVIII, London, pp. 151-178.
Bibliographical note for Peter Pratt, History of Japan, compiled from the Records of English East Indian Company, 1822, M. Paske-Smith (ed.), Kobe, Japan, J. L. Thompson and Co., vol. II, pp. 279-282.
"Notes on early European military influence in Japan (1543-1853)", in Transactions of the Asiatic Society of Japan, second series, t. VIII, Tokyo, pp. 67-93.
1930
"Dom Francisco da Gama, conde de Vidigueira, e a sua viagem para a Índia no ano de 1622. Combate naval de Moçambique em 23-25 de Julho de 1622", in Anais do Clube Militar Naval, vol. LIX, n.º 5-6 (Maio-Junho), Lisboa, pp. 5-24.
Edition and introduction for Commentaries of Ruy Freyre de Andrada, London, George Routledge and Sons (English translation of the Portuguese).
"Jan Compagnie in Japan, 1672-1674, or Anglo-Dutch rivalry in Japan and Formosa", in Transactions of the Asiatic Society of Japan, second series, vol. VII Tokyo, pp. 138-203.
"A situação dos portugueses no Japão em 1635. Carta inédita de Manuel Ramos, ouvidor de Macau" annotated by C. R. Boxer, in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. IV, n.º 64 (Outubro), Lisboa, pp. 45-55.
"The surprisal of Goa's bar", in The Mariner's Mirror, The Quarterly Journal of the Society for Nautical Research, vol. XVI, n.º 1 (January), London, pp. 5-17.
"The swan-song of the Portuguese in Japan, 1635-1639", in Transactions and Proceedings of the Japan Society of London, vol. XXVII, London, pp. 3-11.
"The third Dutch war in the East (1672-4)", in The Mariner's Mirror, The International Journal of the Society for Nautical Research, vol. XVI, n.º 4 (October), London, pp. 343-386.
Translation and edition of The Journal of Maarten Harpertszoon Tromp, Anno 1639, Cambridge, Cambridge University Press.
1929
"The affair of the "Madre de Deus". A chapter in the history of the Portuguese in Japan", in Transactions and Proceedings of the Japan Society of London, n.º XXVI, London, pp. 3-90.
"Uma desconhecida vitória naval portuguesa no século XVII", in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. V, n.º 52 (Outubro), Lisboa, pp. 29-38.
1928
"Ataque dos holandeses a Macau em 1622. "Relação" inédita do Padre Dr. Álvaro do Rosário…", in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. IV, n.º 33 (Março), Lisboa, pp. 17-30.
"Embaixada de Portugal ao Japão em 1647. Relação inédita", in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. IV, n.º 38 (Agosto), Lisboa, pp. 21-62.
"European rivalry in the Indian Seas, 1600-1700", in The Mariner's Mirror, The International Journal of the Society for Nautical Research, London, vol. XIV, n.º 1 (January), pp. 13-25.
"Naval action between the Portuguese and Dutch in Índia, 1654", in The Mariner's Mirror, The International Journal of the Society for Nautical Research, vol. XIV, n.º 38 (August), London, pp. 21-62.
"Novas da Índia Oriental, ano de 1655. Portugueses e holandeses, Relação contemporânea. Publicada e anotada por C. R. Boxer", Sep. de Arqueologia e História, vol. VI, Lisboa.
"Nuno Álvares Botelho e a sua armada de alto bordo (1624-1625). Relação contemporânea, inédita'", in Revista de História, vol. XVI, Lisboa, pp. 283-307.
"A Portuguese embassy to Japan, 1644-1647", in Translations and Proceedings of the Japan Society of London, vol. XXV, London, pp. 1-64.
1927 - 1928
"Subsídios para a História dos portugueses no Japão (1542-1647)", in Boletim da Agência Geral das Colónias, Lisboa, vol. III (1927), n.º 23 (Maio), pp. 4-16, n.º 24 (Junho), pp. 5-44, n.º 29 (Novembro), pp. 13-39, vol. IV (1928), n.º 31 (Janeiro), pp. 48-67, n.º 32 (Fevereiro), pp. 44-64.
1927
"Relação da perda da nau "Madre de Deus" no porto de Nagasaki em Janeiro de 1610", in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. III, n.º 19 (Janeiro), Lisboa, pp. 3-14.
"The siege of Fort Zeelandia and the capture of Formosa from the Dutch, 1661-1662", in Translations and Proceedings of the Japan Society of London, vol. XXIV, London, pp. 15-47.
1926
"24 de Junho de 1662, uma façanha dos portugueses", in Boletim da Agência Geral das Colónias, vol. II, n.º 15 (Setembro), Lisboa, pp. 117-128.