1980
"Descobrimentos no Atlântico e evolução da sua antiga representação cartográfica" in Revista da Universidade de Coimbra, vol. 28, Coimbra, pp. 469-540 (e separata de 1981).
1976
"Descobrimento e representação das ilhas de Cabo Verde na cartografia antiga" in Memórias da Academia das Ciências de Lisboa, Classe de Ciências, t. 21, Lisboa, Academia das Ciências, pp. 229-250.
1975
Esparsos, volumes II e III, Coimbra, Universidade.
1974
"A "Carta de marear" em 1487, entregue por D. João II a Pêro da Covilhã" in Memórias da Academia de Ciências de Lisboa, Classe de Ciências, t. 17, Lisboa, [s. n.], pp. 165-175 (e separata).
Esparsos, vol. I, Coimbra, Universidade.
1973
"O descobrimento de Porto Santo e da Madeira e o infante D. Henrique", separata da Revista da Universidade de Coimbra, vol. 23, Coimbra.
"A história do descobrimento das ilhas da Madeira por Roberto Machim em fins do século XIV / The story of Robert Machin's discovery of the Madeira islands late in the XIV century", separata da Revista da Universidade de Coimbra, vol. 23, Coimbra.
O mistério de Vasco da Gama, Lisboa - Coimbra, Junta de Investigações do Ultramar (existe edição em inglês).
D. João II e o Tratado de Tordesilhas, Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar.
1972
""Descobrimento" e descobrimentos" in Garcia da Horta, número especial, Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar, pp. 191-200 (e separata).
1971
Curso de História da Cartografia e da Naútica (co-autoria de Luís de Albuquerque), Coimbra, Universidade de Coimbra.
Descobrimento e cartografia das Ilhas de São Tomé e Príncipe, Coimbra, Junta de Investigações do Ultramar.
History of portuguese cartography : history of astronomical navigation (co-autoria de Luís de Albuquerque), Lisboa, Junta de Investigação do Ultramar.
Obras Completas de D. João de Castro (edição crítica de Armando Cortesão e Luís de Albuquerque), vol. II, Coimbra, Academia Internacional de Cultura Portuguesa.
1970
"Descobrimento e cartografia das ilhas de S. Tomé e Príncipe" in Permanência: revista mensal de actualidades ultramarinas, nº 3, pp. 18-19.
"Pizzigano's chart of 1424", separata da Revista da Universidade de Coimbra, vol. 24, Coimbra.
1969
Arte de Navegar de Manuel Pimentel (edição comentada e anotada por Armando Cortesão, Fernanda Aleixo e Luís de Albuquerque), Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar.
Curso de História da Cartografia Portuguesa para estudantes e pós-graduados, Coimbra, Imprensa de Coimbra.
História da cartografia portuguesa, 2 volumes, Coimbra, Junta de Investigações do Ultramar (edição também em inglês).
O livro de marinharia de Manuel Álvares (edição de Luís de Albuquerque e prefácio de Armando Cortesão), Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar.
1968
Obras Completas de D. João de Castro (edição crítica de Armando Cortesão e Luís de Albuquerque), vol. I, Coimbra, Academia Internacional de Cultura Portuguesa.
1966
"O maior serviço internacional da cultura portuguesa" in Boletim da Academia Internacional da Cultura Portuguesa, nº 1, pp. 13-28.
"O problema da origem da carta portulano", separata de Revista da Faculdade de Ciências, vol. 39, Coimbra.
1965
Os Guias náuticos de Munique e Évora (edição de Luís de Albuquerque, prefácio de Armando Cortesão), Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar.
"A mais antiga carta corográfica de Portugal manuscrita de que há conhecimento" in Ethnos, vol. IV, Lisboa, Instituto Português de Arqueologia, História e Etnografia, pp. 95-99 (e separata).
1964
"Cartografia portuguesa e a geografia de Ptolomeu", separata de Boletim da Academia das Ciências de Lisboa, vol. 36, Lisboa.
"A propósito do ilustre boticário quinhentista Tomé Pires", separata de Boletim da Escola de Farmácia, vol. 23, Coimbra.
1963
Luís de Albuquerque, O Livro de marinharia de André Pires (introdução de Armando Cortesão), Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar.
"Curso de História da Cartografia" (co-autoria de Luís de Albuquerque e Avelino Teixeira da Mota) in Boletim do Centro de Estudos Geográficos, vol. 3, nº 20, Coimbra, Instituto de Alta Cultura, pp. 139-190 (e separata).
1962
"Do ambiente científico em que se iniciaram os descobrimentos portugueses", separata de O Instituto, Coimbra.
Estudos sobre a história da cartografia antiga / Studies on the history of early cartography (compilação de Armando Cortesão e A. Teixeira da Mota), edição bilingue, Coimbra, Imprensa de Coimbra.
Realidades e desvarios africanos, Lisboa, Sociedade de Geografia de Lisboa (edições em inglês, francês e espanhol: Lisboa, Agência Geral do Ultramar, 1962).
1961
"The Portuguese discovery and exploration of Africa" in Comptes rendus de la IVème Réunion Plenière de l'AETFAT, Lisboa, Junta de Investigações do Ultramar, pp. 21-40 (e separata).
1960
Boies Penrose, Goa - rainha do Oriente / Goa - queen of the East (introdução de Armando Cortesão), Lisboa, Comissão Ultramarina.
Tabularum geographicarum lusitanorum specimen (co-autoria de Avelino Teixeira da Mota), Lisboa, Comissão para as comemorações do V centenário da morte do infante D. Henrique.
Cartografia portuguesa antiga, Lisboa, Comissão Executiva das Comemorações do V Centenário da Morte do Infante D. Henrique.
Portugaliae monumenta cartographica (co-autoria de Avelino Teixeira da Mota), 6 volumes, Lisboa, Comissão para as Comemorações do V Centenário da Morte do Infante D. Henrique (reprodução fac-similada com apresentação e introdução de Alfredo Pinheiro Marques, 7 volumes, Lisboa, Imprensa Nacional - Casa da Moeda, 1987).
1954
The nautical chart of 1424 and the early discovery and cartographical representation of America : a study on the history of early navigation and cartography, Coimbra, Universidade.
Note on the Castiglioni planisphere, Leiden, E. J. Brill.
1953
The North Atlantic nautical chart of 1424, Leiden, E. J. Brill.
1951
"La découverte de l'Amérique et la science nautique" in Les conséquences de la découverte de l'Amérique par Christophe Colomb, Paris, Université de Paris, pp. 25-38.
1949
"A ciência náutica e o renascimento" in Seara Nova, vol. 11, nº 36-37, Lisboa, pp. 198-202 (edição em inglês in Archives Internationales d'Histoire des Sciences, 9, Paris, J. Peyronnet, 1949 e separata).
1945
Primeira embaixada europeia à China: o boticário e embaixador Tomé Pires e a sua "Suma Oriental", Lisboa, Gráfica Lisbonense (edição actualizada e revista por João Carvalho: edição bilingue em português e chinês, Macau, Instituto Cultural, 1990).
1944
The Suma Oriental of Tomé Pires : an account of the East, from the Red Sea to Japan written in Malacca and India in 1512-1515. The book of Francisco Rodrigues : rutter of a voyage in the Red sea, nautical rules, almanack and maps, written and drawn in the East before 1515 (tradução e edição de Armando Cortesão), 2 volumes, Londres, The Hakluyt Society (edição portuguesa: Coimbra, Por Ordem da Universidade, 1978).
A "cidade de Bengala" do século XVI e os portugueses, Lisboa, Tipografia da Sociedade Astória.
1939
"António Pereira and his map of Circa 1545 : an unknown Portuguese cartographer and the early representation of Newfoundland, Lower California, the Amazon and the Ladrones" in Geographical Review, v. 29, nº 2, Nova Iorque, American Geographical Society, pp. 205-225 (e separata).
"O descobrimento da Australásia e a «Questão das Molucas»" in História da Expansão Portuguesa no Mundo (direcção de António Baião, Hernâni Cidade e Manuel Múrias), volume II, Lisboa, Ática, pp. 129-150.
"A expansão portuguesa através do Pacífico (Austrália, Macau, Japão)" in História da Expansão Portuguesa no Mundo (direcção de António Baião, Hernâni Cidade e Manuel Múrias), volume II, Lisboa, Ática, pp. 151-173.
1938
Carta das novas que vieram a el rei nosso senhor do descobrimento do Preste João, (Lisboa 1521) (colaboração de Thomas Henry), Lisboa, Bertrand (edição em inglês: Londres, British Museum, 1938).
"The first account of the far east in the sixteenth century, the name "Japan" in 1513" in Comptes rendus du Congrès International de Géographie, Amesterdão, [s.n.], pp. 146-152 (e separata).
1937
"The mystery of Columbus" in The Contemporary Review, nº 151, pp. 322-339.
1936
"A hitherto unrecognized map by Pedro Reinel in the British Museum" in The Geographical Journal, 87, nº 6, Londres, pp. 518-524.
1935
Cartografia e Cartógrafos Portugueses dos séculos XV e XVI: contribuição para um estudo completo, 2 volumes, Lisboa, Seara Nova.
"Espionagem dos descobrimentos" in Vida Contemporânea, nº 18, Lisboa.
1932
Os Homens: cartógrafos portugueses do século XVI, Coimbra, Imprensa da Universidade.
1931
"Subsídios para a história do descobrimento da Guiné e Cabo Verde" in Boletim da Agência Geral das Colónias, nº 76, Lisboa, pp. 3-39 (e separata).
1928
"A Guiné como colónia de comércio e de plantação" in Boletim da Agência Geral das Colónias, n.º 37, pp. 3-78.